Água é um negócio interessante. Ela pode entrar pelo telhado no outro lado da casa, correr colada por baixo do assoalho/forro e pingar do outro lado da casa. Eu já morei em sobrado com goteira no primeiro andar onde o segundo andar estava perfeitamente seco.

Eu faria uma inspeção visual no telhado, sótão e calhas só para garantir, e ficaria de nariz (dá para cheirar umidade) e olho abertos em todos os cômodos, não só no que vazou. Vale a pena olhar as portas e frisos do andar de cima de onde vcs acharam a água.

Caso você suspeite de uma janela ou porta, pode ser que dê para usar anilina (colorante) para descobrir de onde veio a água na próxima vez que chover.

Outra possibilidade é a água ser “backflow” de algum cano de drenagem. A casa de vocês foi reformada mais de uma vez e eu não ficaria surpreso em achar canos velhos sem uso pela casa.